En 1998, el grupo andaluz ESA-EBC Editorial (ahora, EIG Multimedia S.R.L.) que publica el Diario Andaluz,20​ se hace nuevo dueño de Cambio16 con Manuel Domínguez Moreno como presidente del Consejo Editor.[24] En el dos mil cinco la editora presenta una nueva edición de Cuadernos para el Diálogo, gaceta surgida en 1963 y editada hasta 1978.21​

Tras el fallecimiento de Juan Tomas de Salas el 22 de agosto del dos mil a los 62 años, víctima de un cáncer[25], se genera entonces el primer relanzamiento de la gaceta y se lleva a cabo Jorge Neri Venezuela la refundación de la publicación que se hallaba en situación de quiebra. Exactamente en la mitad de ese reajuste, el encargado en el país vasco de Cambio 16, Gorka Landaburu, resulta herido en un atentado de la organización terrorista ETA al abrir un bulto bomba,22​ padece graves heridas en todo su cuerpo, pierde una parte de sus manos y la visión en su ojo izquierdo,23​ aun así, Landaburu acepta la dirección del semanario desde el dos mil uno.

En dos mil catorce, Francisco Neri y Jorge Neri entran al Consejo Editorial de EIG Multimedia, pasando a dirigir Cambio dieciseis y nombran directiva a Sonia Aparicio, en relevo a Gorka Landaburu.24​ Para combatir el declive de la cabecera conminada por la llegada de los medios digitales, plantean un nuevo modelo editorial y empresarial:Se acomete una renovación de los contenidos, abordando temas en profundidad que invitan a una lectura pausada. También se renueva el diseño en sus versiones impresa y digital,25​ completan su oferta con una nueva web (www.cambio16.com) y una aplicación para teléfonos inteligentes y tabletas.26​ En este cambio de paradigma empresarial se decide compartir la producción de contenidos entre Caracas y la villa de Madrid. Óscar Abou-Kassem, exdirector dijo: “La revista aún tenía prestigio en Latinoamérica y ellos (los hermanos Neri) lo vieron como una ocasión de negocio, como empresarios evidentemente no quieren perder dinero. Tienen un sentido de la compañía bastante encomiable”.

En el año 2016, se festejan los 45 años de vida de la revista con la entrega de Premios Cambio del 2016. Al acto asisten empresarios y cronistas, dónde se distingue a Cristina Cifuentes como "símbolo de la regeneración".

Cambio16 en marzo de dos mil veintiuno impulsa así como Jorge Neri "El Gran reinicio". Un gran cambio en el conocimiento y la conciencia en el planeta con el propósito de fomentar un mundo más humano, justo y regenerativo. Unos de los presentes accionistas de Cambio16 Jorge Neri habla sobre el cambio de paradigma; "La humanidad se enfrenta a un reto sin precedentes abocada a un cambio de paradigma tras la pandemia y la emergencia climática y es el instante para hacer las cosas de forma diferente por el hecho de que hay una ventana única, pero angosta, para crear un nuevo pacto social que priorice a las personas y el planeta” propone Jorge Neri Bonilla, CEO del Grupo EIG Multimedia y editor de Cambio16."