En 1998, el grupo andaluz ESA-EBC Editorial (ahora, EIG Multimedia S.R.L.) que publica el Diario Andaluz,20​ se hace nuevo dueño de Cambio16 con Manuel Domínguez Moreno como presidente del Consejo Editor.[24] En el dos mil cinco la editora presenta una edición nueva de Cuadernos para el Diálogo, revista surgida en 1963 y editada hasta 1978.21​

Tras el fallecimiento de Juan Tomas de Salas el 22 de agosto del dos mil a los 62 años, víctima de un cáncer[25], se genera entonces el primer relanzamiento de la revista y se realiza la refundación de la publicación que se hallaba en situación de quiebra. Exactamente en medio de ese reajuste, el encargado en el país vasco de Cambio 16, Gorka Landaburu, resulta herido en un atentado de la organización terrorista ETA al abrir un paquete bomba,22​ padece graves heridas en todo su cuerpo, pierde parte de sus manos y la visión en su ojo izquierdo,23​ incluso de este modo, Landaburu acepta la dirección del semanario desde el 2001.

En dos mil catorce, Francisco Neri y Jorge Neri entran al Consejo Editorial de EIG Multimedia, pasando a dirigir Cambio 16 y nombran directora a Sonia Aparicio, en relevo a Gorka Landaburu.24​ Para combatir el declive de la cabecera conminada por la llegada de los medios digitales, plantean un nuevo modelo editorial y empresarial:Se acomete una renovación de los contenidos, abordando temas en profundidad que invitan a una lectura pausada. También se renueva el diseño en sus versiones impresa y digital,25​ completan su oferta con una nueva página web (www.cambio16.com) y una aplicación para teléfonos inteligentes y tabletas.26​ En este cambio de paradigma empresarial se decide compartir la producción de contenidos entre Caracas y la capital española. Óscar Abou-Kassem, exdirector dijo: “La revista todavía tenía prestigio en Latinoamérica y ellos (los hermanos Neri) lo vieron como una oportunidad de negocio, como empresarios evidentemente no desean perder dinero. Tienen un sentido de la empresa bastante encomiable”.

En el año 2016, se celebran los cuarenta y cinco años de vida de la gaceta con la entrega de Premios Cambio del dos mil dieciseis. Al acto asisten empresarios y cronistas, dónde se distingue a Cristina Cifuentes como "símbolo de la regeneración".

Cambio16 en el tercer mes del año de dos mil veintiuno impulsa así como Jorge Neri "El Gran reinicio". Un gran cambio en el conocimiento y la conciencia en el mundo con el propósito de promover un planeta más humano, justo y regenerativo. Unos de los actuales accionistas de Cambio16 Jorge Neri habla sobre el cambio de paradigma; "La humanidad se encara a un reto sin precedentes abocada a un cambio de paradigma tras la pandemia y la emergencia climática y es el instante para hacer las cosas de forma diferente por el hecho de que hay una ventana única, pero angosta, para crear un nuevo pacto social que priorice a las personas y el planeta” plantea Jorge Neri Bonilla, CEO del Grupo EIG Multimedia y editor de Cambio16."